Hallo Paul,
ALK zu ALKIS ändert keine Koordinaten sondern nur das Datenformat. Also sollte das keine Auswirkungen auf die Lage haben.

In vielen Bundesländern wird parallel zur ALKIS-Einführung aber auch das Koordinatenreferenzsystem gewechselt.
Falls du diese Umstellung der Koordinaten von GK auf UTM meinst, dann ist mit Lageänderungen im mm-Bereich zu rechen, was aber gleichermaßen dein Netz als auch die ALK Gebäude betrifft. Wird alles richtig gemacht sind identische Punkte vor der Koordinatenumstellung auch identische Punkte danach.
Soweit eine allgemeine Antwort.

Konkrete Antworten kannst du bekommen, wenn du dein Problem genauer beschreibst. Auch die Angabe des Bundeslandes wäre hilfreich.

Gruß Steffen