Hallo,

1) Kann so eine Datei georefenziert sein und GPS Daten enthalten sowie Informationen über die Gewässertiefe in Metern ?
2) Ist es möglich die Tiefen farbig (im Relief) darzustellen (wie auf einer normalen Seekarte)?
3) Kann man die Daten irgendwie in einem Navi-kompatibles Format speichern

1) mit einem üblichen Freeware GIS Programm, was DXF unterstützt, kannst du Datei öffnen und georeferenzieren und Koordinaten speichern lassen. Bei der Gewässertiefe wird es kritisch, weil das DXF-File keine Sachdaten mitspeichert. Also musst du zusehen, dass du irgendwie AutoCAD die DXF-Datei so umspeicherst, dass die Gewässertiefe abgeleitet und ins neue File gespeichert werden.
Dann kannst du z.B. mit kostenlosen Quantum GIS die DXF-Dateien importieren und georeferenzieren...
Wie du mit QuantumGIS DXF-Dateien importierst, erfährst du in diesem Video:
Import DXF in QuantumGIS

2) Wenn du das DXF in Quantum GIS geladen hast, kannst du für jede Wassertiefe bzw. Höhe eine Farbe zuweisen. Dafür benötigst du aber unbedingt die Gewässertiefe als Sachdaten-Datei (meistens DBF-Datei)!

3) Es gibt ja unterschiedliche Formate für NaviGPS (ITN, GBD). Da musst du gucken, ob QuantumGIS dir entsprechende Plugins dafür anbietet. Die Bandbreite der Plugins ist riesig, sie decken nahezu alles ab in dem Bereich. Was mir bekannt ist, dass es eine Dateiunterstützung für GBD Datei von Garmin-Geräten gibt:
GBD-Support bei QuantumGIS

Sonst einfach mal googlen. Was ich persönlich weiß, ist, dass man QuantumGIS Datei in OpenStreetMap (OSM) einbinden kann. Die Export-Funktionen von QuantumGIS sind überdies sowieso überdurchschnittlich.

Viel Erfolg!

Grüße
Sebastian